با وجود آنکه انجمن حجتیه به بهائی‌ستیزی معروف بود، ولی بعضی خصوصیات فکری و مذهبی آن، تقابل و درگیری‌هایی درون جامعه شیعی به وجود می‌آورد.

مؤسس انجمن، شیخ محمود حلبی، به صورت افراطی با هرگونه مباحث برهانی، فلسفی و عرفانی مخالف بود و با روش‌شناسی معینی به کشف معرفت دینی می‌پرداخت.

در واقع حلبی، از طرفداران نگرشی بود که بعدها مکتب تفکیک نام گرفت.

مکتب تفکیک یا مکتب معارفی خراسان، اندیشه‌ای مبتنی بر خالص‌سازی معارف دینی و تفکیک و جدایی آن از اندیشه‌های فلسفی و عرفانی است.

قرائت‌های متفاوتی از مکتب تفکیک وجود دارد و پیروان آن به افراطی و معتدل تقسیم می‌شوند. تفکیکیان افراطی، عرفان نظری و علوم عقلی مثل فلسفه و حتی منطق را یکسره باطل و گمراه‌کننده می‌دانند

و هرگونه مطالعه، بهره‌مندی و استفاده از این علوم را انحراف تلقی می‌کنند. حال آنکه تفکیکیان اعتدالی با نگاهی ملایم‌تر، خواندن فلسفه و عرفان را در شرایطی که منطبق بر آیات و روایات هستند، توصیه می‌کنند.

در این میان، شیخ محمود حلبی را از رهبران و مبلغان افراطی مکتب تفکیک به حساب آورده‌اند نه اعتدالی.(1)

حلبی، فلاسفه را منکر علمی خدای واقعی می‌دانست و در دروس فارسی معارف خود تعابیر بسیار گزنده‌ای نسبت به عرفا مطرح می‌کرد.(2)

به تبع اندیشه‌های شیخ محمود حلبی، فلسفه‌ستیزی و مبارزه با عرفان نظری، یکی از خصوصیات انجمن حجتیه شد؛

زیرا شیخ محمود حلبی همان مقدار که بر مبارزه با بهائیت تأکید می‌کرد، به این موضوع نیز اهتمام داشت.

در تقابل شیخ محمود حلبی با فلسفه و عرفان نظری، تندی و افراط او کاملا مشهود بود.

وی مثلا در یکی از درس‌هایش نسبت به عرفا می‌گوید: خاک بر دهانشان و آتش بر زبانشان.(3)

او گاهی بر فراز منبر به ملاصدرا بی‌ادبی می‌کرد و او را ملاتحتا می‌نامید.(4)

مکتب تفکیکی که حلبی به ترویج آن می‌پرداخت، به شدت به جریان اخباری‌گری گرایش دارد، آن‌گونه که بعضی آن را یک نواخباری‌گری می‌دانند.